在现代生物医药科学中，蛋白质的一级结构，即氨基酸序列，早已不再被视为静态的分子标识。它不仅决定了蛋白质的空间构象和功能特性，还深刻影响着细胞的行为、信号通路的动态变化，甚至与进化路径与疾病机制密切相关。因此，获取蛋白质的准确序列成为深入理解其生物学功能与作用机制的基础。

与传统的“蛋白鉴定”概念不同，蛋白测序（Protein Sequencing）关注的是完整且连续的氨基酸信息，致力于解析未知蛋白、识别序列突变、确认药物蛋白的一致性以及追踪翻译后修饰等关键研究任务。在生物制药、个体化医疗、结构生物学和抗体工程等高精度领域，蛋白测序技术的精细化能力日益成为研究和应用决策的重要支撑。

一、蛋白测序与蛋白鉴定的区别

在蛋白质组学研究中，“测序”“鉴定”等术语常常被混用，导致了术语的误用、技术选择的错误，甚至研究假设的混淆。蛋白测序指的是对蛋白质氨基酸序列的解析，旨在重建其一级结构的连续排列，通常以N端到C端的方向表示全部或部分氨基酸序列，其目标是获取“序列本体”，而非仅判断蛋白的“存在性”或“类别归属”。

相比之下，蛋白鉴定（Protein Identification）依赖于质谱与数据库的匹配，以确定某一肽段是否“属于”某已知蛋白，这是一种分类式的“归属判断”，而非针对每个氨基酸的逐位点信息重建。

二、蛋白测序技术的演进

1. Edman降解：高精度线性识别的开端

Edman降解是Pehr Edman在20世纪50年代建立的，是蛋白质序列解析的首次化学实现。该方法基于苯异硫氰酸（PITC）对N端氨基酸的特定反应，通过顺序标记与去除，实现线性序列的重建。尽管Edman法具有单个氨基酸级别的高识别精度，但它的应用受到样品特性和序列长度的限制。

2. Bottom-up质谱策略：高通量测序的核心

质谱技术的引入是蛋白测序发展中的重大转折点。Bottom-up策略将蛋白质通过特定酶（如胰蛋白酶）降解为短肽段，利用LC-MS/MS对肽段进行分析，并通过数据库对比或de novo算法重建蛋白质序列。尽管该策略在通量和适配性方面表现优异，但其间接性质导致了部分结构信息的缺失。

3. Top-down质谱策略：全面的分子结构识别

Top-down测序跳过酶解步骤，直接分析完整蛋白质。通过高分辨率质谱及高能碎裂技术，该方法能够提供准确的序列和修饰位置信息，特别适合识别蛋白质翻译后修饰（PTM）及生物药质量属性评估。然而，Top-down在技术要求上较高，对质谱平台的性能和样本处理有严格要求。

4. 单分子蛋白测序的崛起

近年来，研究人员开始开发单分子蛋白测序（Single-Molecule Protein Sequencing, SMPS）技术，这类技术不依赖于酶解，能够直接读取氨基酸顺序。通过纳米孔测序和荧光法等策略，SMPS技术在将蛋白质整体结构保持完好的前提下，实现了逐残基的识别，为复杂样本分析提供了新的解决方案。

综合来看，蛋白测序涵盖了从化学降解到质谱分析，再到单分子水平读取的多种技术路径，构成了一套互为补充的信息获取体系。这些方法不但在研究目标和样本条件上各有优劣，也为蛋白质的结构精确性、序列覆盖率与修饰还原度的动态平衡提供了策略支持。

在此背景下，ag尊龙凯时致力于为生物/制药及医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。我们按照NMPA、ICH、FDA和EMA等法规，通过CNAS/ISO9001质量体系认证，建立了完善的质量管理体系，为客户提供一体化的技术支持，包括新药研发、药物注册和生产放行等各个环节。

选择ag尊龙凯时，您将拥有超过3000家企业和10000位客户的信赖，助您在生物质谱分析服务中获得卓越的成果。